Từ hôm nay, cơ quan Hải quan, Thuế hoạt động theo mô hình 3 cấp
Cục Thuế được tổ chức từ trung ương đến địa phương theo mô hình 3 cấp, gồm: Cục Thuế, chi cục thuế khu vực, đội thuế cấp huyện. Cục Hải quan được tổ chức từ trung ương đến địa phương theo mô hình 3 cấp là: Cục Hải quan, chi cục và hải quan cửa khẩu, ngoài cửa khẩu.
Theo Quyết định 381/QĐ-BTC của Bộ Tài chính, Cục Thuế được tổ chức từ trung ương đến địa phương theo mô hình 3 cấp là Cục Thuế, chi cục và các đội thuế từ ngày 1-3-2025.
Cục Thuế có 12 đơn vị tại Trung ương gồm Văn phòng; Ban Chính sách, thuế quốc tế; Ban Pháp chế; Ban Nghiệp vụ thuế; Ban Dự toán, kế toán, thống kê thuế; Ban Quản lý tuân thủ và hỗ trợ người nộp thuế; Ban Công nghệ, chuyển đổi số và tự động hóa; Ban Thanh tra, kiểm tra; Ban Tổ chức cán bộ; Ban Tài vụ, quản trị; Chi cục Thuế doanh nghiệp lớn; Chi cục Thuế thương mại điện tử.
Chi cục Thuế tại địa phương được tổ chức theo 20 khu vực
| STT | Tên đơn vị | Địa bàn quản lý | Trụ sở chính |
| 1 | Chi cục Thuế khu vực I | Hà Nội, Hòa Bình | Hà Nội |
| 2 | Chi cục Thuế khu vực II | Thành phố Hồ Chí Minh | Thành phố Hồ Chí Minh |
| 3 | Chi cục Thuế khu vực III | Hải Phòng, Quảng Ninh | Hải Phòng |
| 4 | Chi cục Thuế khu vực IV | Hưng Yên, Hà Nam, Nam Định, Ninh Bình | Hưng Yên |
| 5 | Chi cục Thuế khu vực V | Bắc Ninh, Hải Dương, Thái Bình | Hải Dương |
| 6 | Chi cục Thuế khu vực VI | Bắc Giang, Lạng Sơn, Bắc Kạn, Cao Bằng | Bắc Giang |
| 7 | Chi cục Thuế khu vực VII | Thái Nguyên, Tuyên Quang, Hà Giang | Thái Nguyên |
| 8 | Chi cục Thuế khu vực VIII | Vĩnh Phúc, Phú Thọ, Yên Bái, Lào Cai | Phú Thọ |
| 9 | Chi cục Thuế khu vực IX | Sơn La, Điện Biên, Lai Châu | Sơn La |
| 10 | Chi cục Thuế khu vực X | Thanh Hóa, Nghệ An | Nghệ An |
| 11 | Chi cục Thuế khu vực XI | Hà Tĩnh, Quảng Bình, Quảng Trị | Hà Tĩnh |
| 12 | Chi cục Thuế khu vực XII | Huế, Đà Nẵng, Quảng Nam, Quảng Ngãi | Đà Nẵng |
| 13 | Chi cục Thuế khu vực XIII | Bình Định, Phú Yên, Khánh Hòa, Lâm Đồng | Khánh Hòa |
| 14 | Chi cục Thuế khu vực XIV | Gia Lai, Kon Tum, Đắk Lắk, Đắk Nông | Đắk Lắk |
| 15 | Chi cục Thuế khu vực XV | Ninh Thuận, Bình Thuận, Đồng Nai, Bà Rịa - Vũng Tàu | Bà Rịa - Vũng Tàu |
| 16 | Chi cục Thuế khu vực XVI | Bình Dương, Bình Phước, Tây Ninh | Bình Dương |
| 17 | Chi cục Thuế khu vực XVII | Long An, Tiền Giang, Vĩnh Long | Long An |
| 18 | Chi cục Thuế khu vực XVIII | Trà Vinh, Bến Tre, Sóc Trăng | Bến Tre |
| 19 | Chi cục Thuế khu vực XIX | An Giang, Đồng Tháp, Cần Thơ, Hậu Giang | Cần Thơ |
| 20 | Chi cục Thuế khu vực XX | Kiên Giang, Cà Mau, Bạc Liêu | Kiên Giang |
Đội thuế quận, huyện, thị xã, thành phố thuộc tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương, đội thuế liên huyện (gọi chung là đội thuế cấp huyện) thuộc chi cục thuế khu vực. Số lượng đội thuế cấp huyện không quá 350 đơn vị.
Theo Quyết định số 382/QĐ-BTC của Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Cục Hải quan, từ ngày 1-3-2025, Cục Hải quan được tổ chức từ trung ương đến địa phương theo mô hình 3 cấp là: Cục Hải quan, chi cục và hải quan cửa khẩu, ngoài cửa khẩu.
Tại trung ương, Cục Hải quan có 12 đơn vị gồm: Văn phòng, Ban Pháp chế, Ban Tổ chức cán bộ, Ban Thanh tra - Kiểm tra, Ban Tài vụ - Quản trị, Ban Giám sát quản lý về hải quan, Ban Nghiệp vụ thuế hải quan, Ban Quản lý rủi ro, Ban Công nghệ thông tin và Thống kê hải quan, Chi cục Kiểm định hải quan, Chi cục Điều tra chống buôn lậu và Chi cục Kiểm tra sau thông quan.
Tại địa phương, Chi cục Hải quan sẽ được tổ chức theo 20 khu vực.
Chi cục Hải quan khu vực I: Hà Nội, Vĩnh Phúc, Phú Thọ, Hòa Bình, Yên Bái, trụ sở chính tại Hà Nội
Chi cục Hải quan khu vực II: TP Hồ Chí Minh
Chi cục Hải quan khu vực III: Hải Phòng, Thái Bình, trụ sở chính ở Hải Phòng
Chi cục Hải quan khu vực IV: Hưng Yên, Hải Dương, Hà Nam, Nam Định, trụ sở chính ở Hưng Yên
Chi cục Hải quan khu vực V: Bắc Ninh, Bắc Giang, Tuyên Quang, Thái Nguyên, Bắc Kạn, trụ sở chính ở Bắc Ninh
Chi cục Hải quan khu vực VI: Lạng Sơn, Cao Bằng, trụ sở chính tại Lạng Sơn
Chi cục Hải quan khu vực VII: Hà Giang, Lào Cai, Điện Biên, Lai Châu, Sơn La, trụ sở chính ở Lào Cai
Chi cục Hải quan khu vực VIII: Quảng Ninh
Chi cục Hải quan khu vực IX: Quảng Bình, Quảng Trị, Huế, trụ sở chính ở Quảng Bình
Chi cục Hải quan khu vực X: Thanh Hóa, Ninh Bình, trụ sở chính ở Thanh Hoá
Chi cục Hải quan khu vực XI: Nghệ An, Hà Tĩnh, trụ sở chính ở Hà Tĩnh
Chi cục Hải quan khu vực XII: Đà Nẵng, Quảng Nam, Quảng Ngãi, trụ sở chính ở Đà Nẵng
Chi cục Hải quan khu vực XIII: Khánh Hòa, Ninh Thuận, Bình Định, Phú Yên, trụ sở chính ở Khánh Hòa.
Chi cục Hải quan khu vực XIV: Gia Lai, Kon Tum, Đắk Lắk, Đắk Nông, Lâm Đồng, trụ sở chính ở Đắk Lắk
Chi cục Hải quan khu vực XV: Bình Thuận, Bà Rịa - Vũng Tàu, trụ sở chính ở Bà Rịa - Vũng Tàu
Chi cục Hải quan khu vực XVI: Bình Dương, Bình Phước, Tây Ninh, trụ sở chính ở Bình Dương
Chi cục Hải quan khu vực XVII: Long An, Bến Tre, Tiền Giang, trụ sở chính ở Long An
Chi cục Hải quan khu vực XVIII: Đồng Nai
Chi cục Hải quan khu vực XIX: Cần Thơ, Cà Mau, Hậu Giang, Vĩnh Long, Trà Vinh, Sóc Trăng, Bạc Liêu, trụ sở chính ở Cần Thơ
Chi cục Hải quan khu vực XX: Đồng Tháp, An Giang, Kiên Giang, trụ sở chính ở Đồng Tháp.
Hải quan cửa khẩu/ngoài cửa khẩu sẽ trực thuộc chi cục hải quan khu vực. Số lượng ở cấp này không quá 165 đơn vị, làm việc theo chế độ chuyên viên. Các đơn vị này có tư cách pháp nhân, con dấu và được mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước theo quy định.